2013年5月2日，南京市原秦淮、白下法院合并为新的南京市秦淮区人民法院。新秦淮法院现有两个办公区域，其中综合部门及部分审判执行部门集中在秦淮区光华路41号办公区，立案庭、红花法庭、民二庭、民三庭、民五庭设在大明路105-5号办公区。
新的南京市秦淮区人民法院于2013年5月2日正式挂牌成立。其前身为原秦淮区法院和原白下区法院。全院现有正式干警192名，本科以上学历干警186人，占干警总人数的96.9%，其中博士1人，硕士73人，占总人数的38.5%。法院现有光华路、大明路两个办公区，其中民一庭、民四庭、刑一庭、刑二庭、未成年及家事审判庭、行政庭、民事执行局、行政执行局、审监庭等部门以及政治处、办公室、研究室、行装科、监察室、机关党委、审管办、法警大队设在光华路41号办公区，立案庭、民二庭、民三庭、民五庭、红花法庭设在大明路105-5号办公区。